El Tribunal Supremo establece el carácter vinculante para Hacienda del informe del Ministerio de Ciencia para la deducción fiscal por innovación tecnológica
El Tribunal Supremo ha dictado este martes tres sentencias (en los recursos de casación número 948, 1633 y 1635/2023) de enorme relevancia en el ámbito de las deducciones fiscales en el Impuesto sobre sociedades por actividades de investigación, desarrollo o innovación tecnológica (I+D+i).
Las resoluciones judiciales giran en torno a la interpretación del 35.4.a) del Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades (TRLIS), vigente hasta 2014, que establecía que, a los efectos de la deducción fiscal por I+D+i, los sujetos pasivos podían aportar un informe motivado del Ministerio de Ciencia y Tecnología relativo al cumplimiento de los requisitos científicos y tecnológicos exigidos para calificar tales deducciones fiscales. La ley actual contiene una previsión similar, pero referida al Ministerio de Economía y Competitividad, como organismo competente.
En los últimos años, la Administración Tributaria ha venido negando la aplicación de la deducción por proyectos de innovación tecnológica, sobre la base de informes preparados por el Equipo de Apoyo Informático, que es una unidad interna de la propia AEAT, incluso en casos en los que el contribuyente contaba con el referido informe vinculante del Ministerio. Esta interpretación llevó a judicializar numerosos procesos en que la Administración exigía la devolución de la deducción, especialmente en proyectos de software.
En estas tres sentencias el Tribunal Supremo anula las sentencias de la Audiencia Nacional que declaraban la procedencia de la eliminación de la deducción fiscal por actividades de innovación tecnológica declaradas en las respectivas autoliquidaciones de las sociedades recurrentes y ello sobre la base de los informes del Equipo de Apoyo Informático de la AEAT aportados al expediente, pese a que las entidades contaban con el informe motivado vinculante en materia de innovación tecnológica que había emitido el Ministerio de Ciencia e Innovación.
Mantiene el Alto Tribunal en las referidas sentencias que tales informes vinculantes no pueden ser rebatidos ni ignorados por los órganos de la Administración tributaria, ni en la calificación de los proyectos como merecedores de la deducción fiscal, ni en lo relativo a los gastos incluidos en el proyecto o proyectos y acompañados a la consulta. De hecho, afirma el Alto Tribunal que el informe incorpora todos los elementos precisos para que la sociedad pueda aplicar la deducción en la cuota del impuesto sin temor a ser corregida por ulteriores opiniones de los órganos internos de la Administración, salvo en casos sumamente excepcionales de apreciación arbitraria o ilógica. Y en este último caso, manifiesta el Tribunal Supremo que no es aceptable la mera prueba autocreada en el seno de las dependencias internas de la propia AEAT. Y, aun aceptándose a efectos dialécticos que cabe esa prueba, no puede revestir la forma de prueba meramente documental ni ser presentada a un tribunal de justicia entre los documentos del expediente administrativo.
Sobre la base de todo ello, las tres sentencias del Tribunal Supremo anulan las decisiones anteriores de la Audiencia Nacional, declarando nulas las liquidaciones recurridas (en las que se negaba la deducción en el IS) y reconociendo a las recurrentes el derecho a la deducción fiscal por actividades de innovación tecnológica, declarada en sus autoliquidaciones.
Estas sentencias suponen una jurisprudencia de enorme valor para las empresas en su vertiente investigadora y de desarrollo tecnológico, y resultan de enorme relevancia por la calificación que el Alto Tribunal concede a la actuación de la Administración Tributaria en el caso analizado, como contraria a los principios de seguridad jurídica y confianza legítima.